安徽省先进功能高分子薄膜工程实验室实行技术委员会领导下的主任负责制。技术委员会依据产业需求制定实验室的发展方向与管理制度，实验室主任由技术委员会任命，负责实验室整体工作的主持与协调。技术委员会由高校、院所、薄膜加工制造领域的专家共同组成，其中产业界人数不低于 1/3。技术委员会的主要职责包括聘任工程实验室主任、确定发展目标和战略规划、确定重要研究领域与研究方向、监督财务预决算等事项。技术委员会是实现产学研合作的纽带，是技术成果向行业辐射的桥梁。