为了捕捉高分子薄膜加工过程中分子层面的瞬时结构变化，如高分子材料结晶过程中的链内构象转变、局部瞬时有序结构的涨落等纳米空间尺度、皮秒时间尺度的结构变化，工程实验室依托国家超级计算天津中心、中国科大超算中心、国家同步辐射实验室高性能服务器等搭建了分子动力学模拟研究平台。利用Materials Studio、LAMMPS、NAMD等模拟软件开展分子动力学模拟，结合MATLAB、Python、C++等编写程序进行数据分析，工程实验室系统研究了线性、支化聚合物体系的流变行为、静态结晶、流动场诱导结晶等基础科学问题。模拟给出的微观图像不仅可以从分子层面为实验现象提供可能的解释，还能发现暂时不能检测的瞬时过程，从而提出更具象化的模型帮助理解诸如结构转变、相变等过程。